После этого, в январе 1938 г. А. А. Пурышев был направлен в Псков на должность директора Управления Псковских государственных музеев, объединявшего исторический, историко-революционный, естественно-исторический и художественный музеи. Усилиями и при участии А.А. Пурышева в Пскове было завершено создание трех музеев: дома-музея В. И. Ленина  на Плехановском посаде,  истории социалистического строительства и антирелигиозного, продолжалось строительство экспозиции исторического музея.

У деревень Городня и Адамово Середкинского района были проведены археологические раскопки, с личным участием А. А. Пурышева состоялась экспедиция к месту  Ледового побоища, шла реставрация архитектурных памятников – Гремячей, Петровской и Михайловской башен, Солодежни, дома Печенко, Яковлева-Сутоцкого и др. В 1939 г. был выпущен сборник “На берегах Псковы и  Великой ”, значительная часть которого принадлежала перу А. А. Пурышева.

С началом Великой Отечественной войны А. А. Пурышев занимался эвакуацией музейных ценностей, затем сам эвакуировался в Свердловскую область, а в июне 1942 г. был назначен директором Вологодского областного краеведческого музея и занимал эту должность до мая 1945 г., после чего возвратился в освобожденный  Псков и вновь был назначен директором музея, получившего теперь статус областного краеведческого. На коллектив музея во главе с директором легли сложнейшие задачи по возвращению ценностей из эвакуации, восстановлению зданий, строительству экспозиций. А. А. Пурышев возглавил созданный в 1946 г. музейно-краеведческий совет, часто выступал с лекциями на исторические темы, 7 ноября 1947 г. была открыта первая экспозиция – “Псковский край в годы Великой Отечественной войны”, музей оказывал содействие в проведении археологических раскопок силами ИИМК АН СССР, А. А. Пурышев делал попытку возрождения в Пскове краеведческого общества (1947 г.).

А. А. Пурышев работал директором Псковского  музея до 26 марта 1949 г., после чего ушел на пенсию. В послевоенные годы на страницах “Псковской правды” им были опубликованы ряд заметок по истории Пскова и хода археологических исследований.

На берегах Псковы и Великой : сборник. - Псков : Псковский колхозник, 1939. - 78 с. - Содерж.: Псков древний / И. Н. Ларионов ; Псков : стих / Л. Ратновский ; Боевые годы / А. А. Пурышев ; Взрыв : стих / Ив. Зарайский ; Псков социалистический / А. А. Пурышев ; В дозоре : стих / Л. Мелковская ; Ленин в Пскове / И. А. Борисанов ; Музеи в Пскове / А. А. Пурышев ; Художественный музей / И. Н. Ларионов ; Город - крепость обороны / Арк Бровкин ; Творцы передовой культуры / И. Хроменко ; Наши мичуринцы / Л. В. Рисположенский ; Замечательные земляки / Л. Ратновский ; Большевистские агитаторы / Мих. Павлов.